Menurut keterangan tokoh masyarakat dan para kiyai sepuh, Pengadilan Agama Kebumen telah ada dan dipimpin oleh seorang penghulu, sejak kerajaan Isalam berdiri di Jawa. Dalam perkembangan sejarah Pengadilan Agama Kebumen menenmpati urutan ke 25 (menurut abjad).

Sejak campur tangan pemerintah kolonial Belanda, maka sejarah pembentukan Pengadilan Agama (Raad Agama) Kebumen hamper sama dengan sejarah pembentukan Pengadilan yang lain untuk Jawa dan Madura. Pengadilan Agama Kebumen dibentuk berdasarkan Staatsblad Nomor 152 Tahun 1882 Jo. Staatsblad Nomor 110 dan Nomor 116 Tahun 1937 dan Staatsblad Nomor 3 Tahun 1940 Jo. Undang – Undang Nomor 7 Tahun 1989 Pasal 106.

Institusi Pengadilan Agama Kebumen pertama kali berkantor di lingkungan Masjid Kauman Kebumen yang berada di bagian depan komplek Masjid Kauman Kebumen, menurut KH. Mutawalli (mantan Ketua Pengadilan Agama Kebumen), bangunan gedung tersebut dibagi 3, ruang paling barat untuk pelayanan NTR, ruang tengah untuk TU, ruang timur untuk Raad Agama.

Sesuai dengan perkembangnya secara fisik gedung tersebut sudah tidak dapat menampung pelayanan pencari keadilan, terutama setelah berlakunya Undang – Undang Nomor 1 Tahun 1974, Untuk itu sejak tahun 1976 Pengadilan Agama Kebumen menempati Kantor baru di Jl. Indrakila Nomor 42 Kebumen.